Vida.exe: desafíos y aventuras de la bioinformática

En 2021 publicamos con unos colegas y amigos un libro de comunicación pública de la ciencia (o divulgación científica, como se decía en mi época) sobre la bioinformática. Pero la historia en realidad comienza varios años antes.

Cómo empezó

En 2006 comencé a cursar la Licenciatura en Bioinformática en la Universidad Nacional de Entre Ríos (UNER), la primera de su tipo en Argentina. Junto a mis compañeros fuimos los “conejillos de India” de una carrera que se daba por primera vez. En ese momento no había profesores en la facultad que se dedicaran específicamente a la bioinformática. La mayoría de los profes eran bioingenieros (la primera carrera que se había dictado en la Facultad) y para las materias más específicas se llamó a docentes de otras universidades que venían especialmente a darnos clases. La bioinformática recién arrancaba en el país, tengamos en cuenta que el Primer Congreso Argentino de Bioinformática y Biología Computacional fue en 2010 y apenas unos meses antes se había creado la Asociación Argentina de Bioinformática y Biología Computacional (A2B2C).

Ese impulso y esa necesidad de construir un camino nos llevó a los estudiantes a formar nuestra propia asociación: el Regional Student Council Argentina (RSG-Argentina), asociado a la A2B2C y a la ISBC. No eramos solo estudiantes de la Licenciatura en Bioinformática sino que también había biólogos, biotecnólogos e informáticos que hacían su doctorado en temas de bioinformática. Se formó un gran grupo, liderado por una fuerza de la naturaleza como Gonza Parra, que organizó congresos, talleres y encuentros. En febrero de 2013 Vicky Revuelta vino con la idea de que escribamos un libro de divulgación sobre la bioinformática. Había un concurso de una conocida colección de libros de divulgación científica y el ganador vería publicado su libro. ¿El problema? solo quedaba un mes para el cierre. ¿Podíamos escribir un libro en un mes? Sonaba como una locura y lo era pero nos juntamos 10 locos y nos embarcamos en ese viaje. Bosquejamos una estructura y nos repartimos los capítulos según las temáticas que manejaba cada uno. Llegamos con lo justo y lo enviamos sin poder revisar demasiado. No ganamos.

Varios años después, ese manuscrito llegó a las manos de alguien que su vez se lo hizo llegar al periodista científico Martín De Ambrosio. Martín y Gastón Levin (editor de Autoria y Fondo de Cultura Económica) vieron algo en el libro y les pareció que podía ser publicado. Entonces decidí cargarme el proyecto al hombro, sumando a Lio Uran Landaburu y a Nico Palopoli en la edición. Ideamos una nueva estructura, tiramos la mitad de los capítulos y escribimos capítulos nuevos, mientras que los que quedaron fueron reescritos en buena parte. Después de varios meses de trabajo terminamos el libro en 2019 pero la crisis económica estaba afectando a la industria editorial y no pudimos publicarlo. Luego de que pasaron los primeros meses de pandemia el proyecto se reactivó y Martín sumó la idea de agregar un capítulo sobre el COVID. Tras de un mes de leer absolutamente todos los papers y noticias que salían sobre el tema cerré el capítulo. Ya estaba listo para la imprenta.

En abril de 2021 salió nuestro libro a la venta después de 8 años.

De qué trata

La bioinformática es una disciplina transversal donde se encuentran la biología y las ciencias de la computación. Los autores dan diferentes definiciones que acortan o alargan sus alcances pero nosotros tomamos un enfoque lo más laxo posible, definiendo a la bioinformática como “la resolución de problemas biológicos usando métodos computacionales”. Como se podrán imaginar esto abarca áreas muy diversas y diferentes entre sí, que intentamos incluir en ese libro. Por eso la mejor manera de entender de que va Vida.exe es indagando en su índice:

• Sopa de letras, por Germán A. González en la primera mitad del siglo XX los científicos desarrollaron métodos para estudiar las moléculas biológicas y se comenzaron a generar una cantidad de datos que era díficil sistematizar y comparar a mano. Entonces, de la mano de Margaret Dayhoff, surge la primera base de datos biológica y con ella la bioinformática como disciplina.
• Guía para escalar una montaña de datos, por Germán A. González en las décadas siguientes las computadoras aumentaron en gran medida su potencia y se conectaron mediante internet, lo cual cambió la forma de trabajar de la científicos.
• El árbol de la vida, por Germán A. González, Nicolás Stocchi y María Victoria Revuelta al comparar secuencias de ADN o proteínas los científicos encontraron que aquellos más cercanos evolutivamente tenían secuencias de ADN (o aminoácidos) más parecidas, lo que permitió desarrollar métodos para recontruir el “árbol de la vida”.
• La vida secreta de las moléculas, por Juan Pablo Bustamante, R. Gonzalo Parra y Nicolás Palopoli las proteínas son las encargadas de realizar las funciones dentro de la célula y para eso se “pliegan” de una forma particular. La bioinformática nos permite entender y predecir esos plegados lo cual puede tener consecuencias en nuestra forma de entender el organismo y las enfermedades.
• El mundo es un pañuelo, por Diego Zea hoy es normal hablar de redes, en especial las sociales donde la gente se conecta e interactua entre sí. Pero las moléculas también forman redes complejas que se encargan de que nuestro organismo funcione correctamente.
• Sobre gallinas y engranajes, por R. Gonzalo Parra, Juan Pablo Bustamante y Nicolás Palopoli como dijimos antes vamos a hablar de bioinformática en un sentido amplio y no solo enfocado en lo molecular. Eso implica alejar un poco el zoom para pensar a los individuos desde una visión ecosistémica ¿podemos modelar epidemias usando computadoras? ¿y un ataque zombie?
• ¿Big bang? No, Bio bang, por Esteban Lanzarotti, Lionel Uran Landaburu y Martín Banchero en este capitulo, que podría estar escrito por un moderno Dr. Frankenstein, vemos como hay científicos pensando en como crear vida desde cero en una computadora.
• Diseñado para vos, por Germán A. González entender como funciona el organismo a nivel molecular puede ayudarnos a encontrar tratamientos para enfermedades que aún no lo tienen ¿es la medicina personalizada el futuro?
• El genoma después del genoma, por Germán A. González y R. Gonzalo Parra ¿qué queda por estudiar un vez que conocimos el genoma humano completo? ¿por qué todo resultó más complejo de lo que pensabamos 20 años atrás?
• El poder de las masas, por Elin Teppa ¿cómo podemos analizar las cantidades cada vez más abrumadoras de datos que se generan? la solución la encontramos en el proyecto SETI que busca vida extraterrestre: usar la capacidad de cálculo ociosa de las computadoras personales.
• El rey desnudo y sin corona (virus), por Germán A. González en este último capítulo retomamos todo lo que vimos en los capitulos anteriores (las secuencias, las estructuras, el árbol de la vida, el modelado de epidemias, la medicina personalizada) y lo aplicamos a la pandemia de COVID-19 para entender lo que sucedió y (tratar de) prevenir que suceda de nuevo.

El después

En mayo de 2021, todavía en plena pandemia, presentamos el libro via Zoom con una entrevista de Martín de Ambrosio.

Hicimos un capítulo del podcast de FCE, también entrevistados por Martín:

Conversaciones de Fondo

Lio también salió en La Liga de la Ciencia hablando de Vida.exe:

Salieron algunas notas en los medios:

• Página/12, Presentación del libro “Vida.exe” | La revolución tecnológica
• Agencia Paco Urondo ¿Qué es y cómo puede ayudarnos la bioinformática?
• Caras y Caretas “Era esperable una nueva epidemia de coronavirus”

Cómo comprarlo (en papel o digital)

• Tienda de Fondo de Cultura Económica
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