2018 - Análisis de experimentos transcriptómicos (RNA-Seq)

Curso de Posgrado para la Carrera Doctorado en Ciencias Biológicas, Universidad Nacional de Córdoba.

Fecha

7 al 11 de mayo de 2018.

Objetivos

El curso tiene como finalidad brindar los conocimientos básicos necesarios para el diseño y análisis de experimentos transcriptómicos de alto rendimiento utilizando el software considerado como ‘estándar de facto’ en la literatura.

Docentes

• Germán A. González, IDEA-CONICET.
• Natalia Servetto, IDEA-CONICET.
• Micaela Ruiz, IDEA-CONICET

Programa

1. Conceptos básicos: Secuenciación de alto rendimiento. Tecnologías disponibles en el mercado. Formatos de archivo. Diseño de experimentos transcriptómicos: replicación, estrategias de diseño, multiplexado.

2. Control de calidad y preprocesamiento: chequeo de las lecturas: calidad de las bases, bases ambiguas, adaptadores. Preprocesamiento y corrección de sesgos.

3. Mapeo de los transcriptos: alineamiento contra el genoma de referencia, ensamblado de novo, cuantificación de la expresión génica.

4. Análisis de expresión diferencial: normalización, identificación de genes diferencialmente expresados y análisis funcional.